✴️ HBV genotype giải trình tự gene
MỤC ĐÍCH VÀ NGUYÊN LÝ
Mục đích:
Xác định genotype HBV (virus viêm gan B).
Nguyên lý:
Bằng kỹ thuật giải trình tự nucleotide của gen đặc trưng cho HBV.
CHUẨN BỊ
Người thực hiện:
Người thực hiện: Cán bộ xét nghiệm đã được đào tạo và có chứng chỉ hoặc chứng nhận về chuyên ngành vi sinh.
Người nhận định và phê duyệt kết quả: Cán bộ xét nghiệm có trình độ đại học hoặc sau đại học về chuyên ngành vi sinh.
Phương tiện, hóa chất:
Phương tiện, hóa chất như ví dụ dưới đây hoặc tương đương.
Trang thiết bị:
Tủ an toàn Sinh học cấp 2.
Máy PCR.
Máy đọc điện di.
Máy giải trình tự gen.
Máy ly tâm 25000 x g.
Máy ly tâm dùng cho tube 0,2 ml.
Máy ủ nhiệt.
Máy vortex.
Micropipette.
Bộ lưu điện.
Dụng cụ, hóa chất và vật tư tiêu hao (bao gồm nội kiểm, ngoại kiểm).
Định mức sinh phẩm và vật tư tiêu hao cho 3 mẫu/lần thực hiện (VD).
.png)
Ghi chú: Chi phí ngoại kiểm cho quy trình kỹ thuật được tính cụ thể theo chương trình ngoại kiểm (EQAS) là 1/50 tổng chi phí dụng cụ, hóa chất, vật tư tiêu hao (với số lần ngoại kiểm trung bình 2 lần / 1 năm).
Bệnh phẩm:
Huyết tương, huyết thanh.
Phiếu xét nghiệm:
Điền đầy đủ thông tin theo mẫu phiếu yêu cầu.
CÁC BƯỚC TIẾN HÀNH
Các bước tiến hành thực hiện theo phương tiện, hóa chất được ví dụ ở trên.
Lấy bệnh phẩm:
Theo đúng quy định của chuyên ngành vi sinh: Lấy 3 ml máu vào ống lấy máu vô trùng có chất chống đông EDTA.
Tiến hành kỹ thuật:
Tách chiết DNA tổng số.
Thực hiện PCR.
Điện di kiểm tra sản phẩm.
Giải trình tự gen.
Kiểm tra và so sánh trình tự gen của HBV trên ngân hàng dữ liệu gen quốc tế.
NHẬN ĐỊNH KẾT QUẢ
Sản phẩm PCR phải có một băng đặc hiệu duy nhất, rõ nét và không bị đứt gẫy. Trình tự DNA của gen đích phải có độ tương đồng ≥ 90% mới có thể kết luận được genotype của HBV.
NHỮNG SAI SÓT VÀ XỬ TRÍ
Trong trường hợp không có sản phẩm PCR, cần phải kiểm tra lại quá trình tách chiết DNA tổng số, chất lượng primers và master mix, và thực hiện lại xét nghiệm.
Nếu trình tự DNA bị nhiễu cần phải kiểm tra lại độ đặc hiệu của sản phẩm PCR hoặc quá trình chạy PCR sequencing bị nhiễm chéo.
Bệnh viện Nguyễn Tri Phương - Đa khoa Hạng I Thành phố Hồ Chí Minh
BÀI VIẾT KHÁC
