CÁC LOẠI TESTS KHUẾCH ĐẠI AXÍT NHÂN (Nucleic acid amplification tests - NAATs)
Có nhiều loại tests chẩn đoán phát hiện axít nhân (DNA hay RNA) của tác nhân gây bệnh nhiễm trùng trong bệnh phẩm lấy từ bệnh nhân. Đa số các tests này hoạt động theo nguyên lý khuếch đại acid nhân “đích” của tác nhân mà không phân biệt được chúng còn “sống” hay “chết”.
Các loại tests dựa trên những phản ứng hoá học khác nhau:
- Phản ứng chuỗi polymer thời gian thực (real-time, reverse-transcription polymerase chain reaction) rRT-PCR
- Khuyếch đại qua trung gian chuyển mã (transcription-mediated amplification) TMA.
- Khuyếch đại đẳng nhiệt qua trung gian vòng (loop-mediated isothermal amplification) LAMP
Kết quả của mỗi loại test được diễn đạt khác nhau và có thể tìm nhiều tác nhân cùng một lúc (multiplex) trên cùng 1 test.
CÁC TESTS NATTS ĐỂ CHẨN ĐOÁN COVID-19
Tìm SARS-CoV-2 trong chẩn đoán COVID-19 là tìm RNA của virus. Hiện nay đang sử dụng các loại tests Real-time RT-PCR như CDC Diagnostic Panel, Cepheid Xpert Xpress SARS-CoV-2, Roche Cobas SARS-CoV-2, hoặc các phương pháp khác như TMA (Hologic Aptima SARS-Cov-2) hay LAMP. Các test này được US-FDA cấp phép sử dụng khẩn cấp theo danh sách
https://www.fda.gov/.../coro.../in-vitro-diagnostics-euas...
Các test NAATs dùng để chẩn đoán Covid-19, đa số có ĐỘ NHẠY cao, nghĩa là có thể phát hiện một lượng nhỏ RNA của virus và rất ĐẶC HIỆU- có nghĩa là chỉ phát hiện RNA của SARS-CoV-2.
ĐIỀU QUAN TRỌNG CẦN NHỚ LÀ TẤT CẢ TESTS NAAT LÀ TEST ĐỊNH TÍNH!
Có nghĩa là các test này được thiết kế để trả lời kết quả ÂM hay DƯƠNG mà thôi!
Các test này không được thiết kế để có thể định lượng hay bán định lượng số lượng RNA trong bệnh phẩm
HIỂU CT NHƯ THẾ NÀO?
Trong loại xét nghiệm realtime RT-PCR có một chi tiết là CT (cycle threshold) được định nghĩa như là số chu kỳ cần thiết để để đạt đến một mức độ huỳnh quang mà ở mức này kết quả chuyển từ ÂM TÍNH (không phát hiện được RNA) sang DƯƠNG TÍNH (phát hiện được RNA) và ngưỡng thường vào khoảng 15 - 45.
Tuy nhiên ở mỗi loại test nhà sản xuất tính toán CT khác nhau: có loại sử dụng phần mềm vi tính gắn trong máy nhưng có loại lại phải dùng một máy tính để định Ct theo thông số của nhà sản xuất và cũng có loại chỉ đưa kết quả âm hay dương tính. Có những loại test mức cut-off để xác dịnh âm hay dương. Nhưng nói chung CT là do nhà sản xuất quy định chứ không thay đổi theo phòng xét nghiệm sử dụng test được.
CT THAY ĐỔI THEO NHỮNG YẾU TỐ GÌ?
* Trước khi làm xét nghiệm:
- Cách thức lấy mẫu
- Thời gian lấy mẫu - Loại mẫu:
- Loại bệnh phẩm: chất tiết, màu, nước tiểu
- Tải lượng của virus: bệnh phẩm ở đường hô hấp trên vs hố hấp dưới
- Thời điểm lấy mẫu
- Lưu trữ và vận chuyển mẫu trước khi xét nghiệm
- Cách xác định CT
* Trong lúc làm:
- Tách chiết DNA-RNA
- Số lượng RNA trong bệnh phẩm
- Loại xét nghiệm singleplex hay multiplex
CÓ ĐỊNH LƯỢNG RT-PCR ĐỊNH LƯỢNG CHO COVID-19?
Hiện nay chưa có xét nghiệm định lượng virus cho Covid-19 được chấp nhận trên thị trường như trong bệnh Nhiễm HIV hay trong Nhiễm virus viêm gan B vì bệnh phẩm ở đường hô hấp phức tạp hơn máu chưa có thể chuẩn hoá hết các thông số.
CT LIÊN QUAN ĐẾN TẢI LƯỢNG VIRUS?
Có liên quan giữa CT và TẢI LƯỢNG VIRUS trong bệnh phẩm của bệnh nhân nhưng không tương xứng vì còn nhiều yếu tố khác, nên phải rất cẩn thận khi diễn giải trị số CT. CT cao có thể phản ánh tải lượng cao nhưng không phải lúc nào cũng đúng vậy; ví dụ trong bệnh phẩm có ít RNA của virus nên cần khuếch đại nhiều chu kỳ hơn (CT phải cao) thì mới đến mức phát hiện; chứ không phải tải lượng virus trong bệnh nhân cao... Luôn luôn kết hợp CT với lâm sàng để diễn giải ý nghĩa
CT VÀ ĐỘ LÂY NHIỄM CỦA BỆNH NHÂN
Có nhiều lý do để không nên sử dụng CT để xác dịnh độ lây nhiễm của bệnh nhân
- đây là xét nghiệm định tính và không thiết kế để đo độ lây nhiễm của bệnh nhân
- có nhiều lý do làm thay đổi CT (như trên) không liên quan đến tải lượng virus trên BN
- xét nghiệm duy nhất để xác định virus còn hoạt động hay không là nuôi cấy virus trên tế bào
- hiện nay chưa có số liệu để xác định chính xác tương quan giữa tải lượng virus SARS-CoV-2 và tính lây nhiễm: chúng ta chưa biết cần bao nhiêu virus để có thể lây truyền cho người khác; chúng ta chưa biết ở mức nào của tải lượng virus thì không còn lây nhiễm...
CÓ NÊN DÙNG CT ĐỂ QUYẾT ĐỊNH BIỆN PHÁP KIỂM SOÁT LÂY NHIỄM?
Hiện nay chưa đủ dữ liệu! Chúng ta biết rằng trong những ngày đầu tiên sau khi bị nhiễm tải lượng virus khá thấp sau đó gia tăng nhanh chóng trước khi giảm xuống. Như vậy khi tải lượng virus lên cao nhất là lúc dễ lây nhiễm cho ngưởi khác; cũng có nghĩa là lúc CT thấp nhất. Tuy nhiên hầu hết người nhiễm virus được xem không còn lây lan vào khoảng 10 ngày sau khi khởi phát lúc các xét nghiệm NAAT vẫn còn dương tính; nhưng chúng ta cũng biết rằng có thể đó là những phần RNA còn sót lại tức virus không còn hoạt động nữa! Ngoài ra chúng ta cũng chưa hiểu rõ vì sao cùng một tải lượng virus mà có người không có triệu chứng nhưng có người lại bệnh nặng!
Câu hỏi có nên sử dụng CT để đưa ra khuyến cáo về dự phòng lây nhiễm hay rộng hơn là tình trạng bệnh nhân vẫn còn bàn cãi...
Ý kiến của một chuyên gia dịch tể lâm sàng ở Brigham and Women's Hospital Harvard là “giá trị CT không phải là điều duy nhất tôi sử dụng để chẩn đoán và truy vết bệnh nhân Covid-19 tuy tôi cảm nhận nó cũng hữu ích”!
Chuyên ngành bệnh nhiễm trùng chúng tôi luôn nhớ rằng chẩn đoán bệnh luôn luôn dựa vào 3 yếu tố:
- dịch tễ học của bệnh
- lâm sàng
- xét nghiệm
Để đối phó thì cũng quan tâm 3 yếu tố: VI SINH VẬT GÂY BỆNH, CON NGƯỜI VÀ MÔI TRƯỜNG
Thật không may trong Đại Dịch Covid-19 này người ta chỉ nhớ đến xét nghiệm và chỉ chú ý đến Cô Vi!
GS. TS. BS Trần Tịnh Hiền
(GS.TS.BS Trần Tịnh Hiền tốt nghiệp Đại Học Y Dược TPHCM năm 1978 và nhận bằng Tiến sĩ tại Đơn vị Nghiên cứu Lâm sàng của Đại học Oxford và Đại học Mở Vương quốc Anh năm 2004.
Ông làm Giáo sư thỉnh giảng về Bệnh truyền nhiễm tại Đại học Oxford và là thành viên của Bác sĩ Hoàng gia Anh Quốc từ năm 2004.
Từ năm 2008, GS.TS.BS Trần Tịnh Hiền là Thành viên Ban đánh giá về đạo đức trong nghiên cứu Y sinh học trên người Bộ Y Tế và từ năm 2010, ông đảm nhiệm cương vị Giám đốc Nghiên cứu Đơn vị Nghiên cứu lâm sàng Đại Học Oxford Anh Quốc.
Trước đó, GS.TS.BS Trần Tịnh Hiền công tác tại Bệnh viện Chợ Quán, nay là Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới từ năm 1978. Ông kinh qua nhiều vị trí quan trọng của bệnh viện, đầu tiên là Trưởng khoa Hồi sức cấp cứu, sau đó vào năm 1985 là Trưởng khoa Sốt rét và vào năm 1987 là Trưởng phòng Y vụ. Ông được bổ nhiệm làm Phó Giám đốc vào năm 1989.)
