EV71 genotype giải trình tự gene

✴️ EV71 genotype giải trình tự gene

MỤC ĐÍCH VÀ NGUYÊN LÝ

Mục đích

Xác định trình tự nucleotide đặc trưng cho từng genotype của Enterovirus 71 (EV 71) trong các loại dịch tiết đường hô hấp, các loại dịch khác và phân.

Nguyên lý

Xác định trình tự nucleotide đặc trưng cho từng genotype của EV71 bằng kỹ thuật giải trình tự gen.

CHUẨN BỊ

Người thực hiện

Người thực hiện: Cán bộ xét nghiệm đã được đào tạo và có chứng chỉ hoặc chứng nhận về chuyên ngành Vi sinh.

Người nhận định và phê duyệt kết quả: Cán bộ xét nghiệm có trình độ đại học hoặc sau đại học về chuyên ngành Vi sinh.

Phương tiện, hóa chất

Phương tiện, hóa chất như ví dụ dưới đây hoặc tương đương.

Trang thiết bị

Tủ an toàn sinh học cấp 2.

Máy PCR.

Máy điện di.

Máy đọc điện di.

Máy giải trình tự gen.

Máy ly tâm 25000 x g.

Máy ly tâm dùng cho tube 0,2 ml.

Máy ủ nhiệt.

Máy vortex.

Bộ lưu điện.

Tủ lạnh 2ºC - 8ºC.

Tủ âm sâu (-20ºC hoặc -70ºC).

Micropipette.

Dụng cụ, hóa chất và vật tư tiêu hao (bao gồm nội kiểm, ngoại kiểm)

Thực hiện xét nghiệm 02 mẫu/lần.

* Ghi chú: Chi phí ngoại kiểm cho quy trình kỹ thuật được tính cụ thể theo Chương trình ngoại kiểm (EQAS) là 1/50 tổng chi phí dụng cụ, hóa chất, vật tư tiêu hao (với số lần ngoại kiểm trung bình 3 lần/1 năm).

Bệnh phẩm

Dịch hầu họng, dịch đường hô hấp, phân, và các loại dịch khác…

Phiếu xét nghiệm

Điền đầy đủ thông tin theo mẫu phiếu yêu cầu.

CÁC BƯỚC TIẾN HÀNH

Các bước tiến hành thực hiện theo phương tiện, hóa chất được ví dụ ở trên.

LẤY BỆNH PHẨM

Theo đúng quy định của chuyên ngành Vi sinh

Từ chối những bệnh phẩm không đạt yêu cầu

Tiến hành kỹ thuật

Tách chiết RNA tổng số.

Thực hiện phản ứng RT-PCR.

Thực hiện phản ứng PCR.

Điện di kiểm tra sản phẩm.

Giải trình tự gen.

Kiểm tra và so sánh trình tự gen của EV71 trên ngân hàng dữ liệu gen quốc tế.

NHẬN ĐỊNH KẾT QUẢ

Sản phẩm PCR phải có một băng đặc hiệu duy nhất, rõ nét và không bị đứt gẫy. Trình tự DNA của gen đích không bị nhiễu và phải có độ tương đồng ≥ 90% mới có thể kết luận được genotype của EV71.

NHỮNG SAI SÓT VÀ XỬ TRÍ

Trong trường hợp không có sản phẩm PCR, cần phải kiểm tra lại quá trình tách chiết RNA tổng số, chất lượng primers và master mix, và thực hiện lại toàn bộ xét nghiệm.

Nếu trình tự DNA bị nhiễu cần phải kiểm tra lại độ đặc hiệu của sản phẩm PCR hoặc quá trình chạy PCR sequencing bị nhiễm chéo.

Bệnh viện Nguyễn Tri Phương - Đa khoa Hạng I Thành phố Hồ Chí Minh

facebook.com/BVNTP