MỤC ĐÍCH VÀ NGUYÊN LÝ
Mục đích
Phát hiện sự thay đổi trình tự nucleotide trên hệ gene của Neisseria gonorrhoreae có liên quan đến khả năng kháng thuốc.
Nguyên lý
Dựa trên trình tự nucleotide đặc trưng của gene mã hóa cho đặc tính kháng thuốc của vi khuẩn bằng kỹ thuật giải trình tự gene.
CHUẨN BỊ
Người thực hiện
Người thực hiện: Nhân viên xét nghiệm đã được đào tạo và có chứng chỉ hoặc chứng nhận về chuyên ngành Vi sinh (và/hoặc sinh học phân tử/ sinh học/công nghệ sinh học)..
Người nhận định và phê duyệt kết quả: Người thực hiện có trình độ đại học hoặc sau đại học về chuyên ngành Vi sinh (và/hoặc sinh học phân tử/ sinh học/công nghệ sinh học).
Phương tiện, hóa chất
Trang thiết bị
Tủ an toàn sinh học cấp 2
Máy ủ nhiệt
Máy ly tâm 25000 x g
Máy ly tâm dùng cho tube 0,2 ml
Máy vortex - Máy PCR
Máy giải trình tự gene
Bộ lưu điện
Ống Eppendorf 1,5 ml ho c 2 ml
Các loại Micropipette điều chỉnh được: 1000µl, 200µl, 100µl, 10µl
Đầu côn có màng lọc 10 μl, 100 μl, 200 μl và 1000 μl
Tủ lạnh thường
Tủ âm sâu (20oC) ho c (-70oC) (nếu có)
Dụng cụ, hóa chất và vật tư tiêu hao (bao gồm nội kiểm, ngoại kiểm)
Ghi chú:
Chi phí ngoại kiểm cho quy trình kỹ thuật được tính cụ thể theo Chương trình ngoại kiểm (EQAS) là 1/200 tổng chi phí dụng cụ, hóa chất, vật tư tiêu hao (với số lần ngoại kiểm trung bình 2 lần/1 năm).
Bệnh phẩm
Dịch niệu đạo, cổ tử cung hoặc chủng vi khuẩn lậu.
Phiếu xét nghiệm
Điền đầy đủ thông tin theo mẫu phiếu yêu cầu
CÁC BƯỚC TIẾN HÀNH
Các bước tiến hành thực hiện theo phương tiện, hóa chất được ví dụ ở trên.
Lấy bệnh phẩm
Theo đúng quy định của chuyên ngành Vi sinh (Xem phụ lục).
Tiến hành kỹ thuật
Tách chiết DNA tổng số
Thực hiện PCR gene kháng thuốc
Điện di kiểm tra sản phẩm
Giải trình tự gene
Kiểm tra sự thay đổi nucleotide của gene kháng thuốc và kết luận
NHẬN ĐỊNH KẾT QUẢ
Sản phẩm PCR phải có một băng đặc hiệu duy nhất, rõ nét và không bị đứt gẫy. Trình tự DNA của gene đích được so sánh với các trình tự của gene của chủng hoang dại trên “Genebank” để xác định sự có mặt hoặc không có mặt của các đột biến kháng thuốc đã được biết.
NHỮNG SAI SÓT VÀ XỬ TRÍ
Trong trường hợp không có sản phẩm PCR, cần phải kiểm tra lại quá trình tách chiết DNA tổng số, chất lượng primers và master mix, và thực hiện lại.
Nếu trình tự DNA bị nhiễu cần phải kiểm tra lại độ đặc hiệu của sản phẩm PCR hoặc quá trình chạy PCR sequencing bị nhiễm chéo.
Bệnh viện Nguyễn Tri Phương - Đa khoa Hạng I Thành phố Hồ Chí Minh
