Các học thuyết cơ bản thường dùng trong y học cổ truyền:
Vũ trụ quan Phương Đông là phương pháp quan sát vạn vật trong sự biến đổi của không gian (vũ) và biến đổi của thời gian (trụ). Khi quan sát theo không gian, người ta sử dụng
cách quy nạp đồng dạng. Khi quan sát theo thời gian, người ta sử dụng cách quy nạp tương ứng. Những giá trị đồng dạng và tương ứng là những giá trị cơ bản để thiết lập nên các quy luật Âm Dương, Ngũ Hành. Khi người ta đem so sánh giữa những giá trị tương ứng và giá trị đồng dạng với nhau, người ta lại tìm được những gia trị tương tác giữa chúng với nhau, đó là quy luật tương sinh, tương khắc trong quy luật Ngũ Hành, quy luật tiêu tưởng, chuyển hóa trong quy luật Âm Dương.
Giá trị của vũ trụ quan Phương Đông trong đời sống con người là những kết quả ứng dụng của nó dưới dạng những quy luật vô cùng phong phú và hiệu quả. Trong phạm vi y học, người ta chọn dùng một số có giá trị rõ nét và thiết thực với chuyên ngành của mình, mấy vấn đề thường được sử dụng trong y học là:
• Âm Dương
• Ngũ Hành
• Thiên can
• Địa chi
Lý luận Đông y dựa trên nền tảng triết học cổ Trung Hoa: Âm Dương, Ngũ Hành. Âm Dương, Ngũ Hành cân bằng thì cơ thể khỏe mạnh, việc chữa bệnh nhằm lập lại trạng thái cân bằng của các yếu tố đó trong khi Tây y dựa trên các kiến thức về giải phẫu, sinh lý, vi sinh v.v. cùng các thành tựu của các ngành khoa học hiện đại.
Bên cạnh Âm Dương, Ngũ Hành, cơ sở lý luận Đông y còn bao gồm: học thuyết Thiên Nhân hợp nhất, học thuyết kinh lạc, bát cương, học thuyết tạng tượng. Mặc dầu tạng tượng học Đông y có nhiều điểm tương đồng với giải phẫu và sinh lý học Tây y, các từ Hán-Việt dùng để chỉ các tạng (tâm, Can, Tỳ, Phế, Thận), phủ (vị, đởm, tam tiêu, bàng quang, tiểu trường, đại trường) trong Đông y không đồng nhất với các từ chỉ các cơ quan theo giải phẫu học Tây y (tim, gan, lách, phổi, cật; dạ dày, mật v.v.). Bởi lẽ Đông y có một hệ thống lý luận khác, theo đó, việc chia tách cơ thể thành các bộ phận khác nhau một cách rạch ròi chỉ là khiên cưỡng, do cơ thể là một thể thống nhất.
Trái ngược với văn hóa phương Tây, văn hóa phương Đông coi trọng “cân bằng” và “điều hòa”. “Trung dung” tức cân bằng giữa hai thái cực và được người xưa tôn vinh là tiêu chuẩn tối cao trong triết lý tu thân của bậc quân tử. Trong quan hệ với thiên nhiên, phương Đông không chủ trương chế phục mà hướng tới sự hòa hợp: “thiên nhân hợp nhất”. Trong quan hệ giữa người với người, từ ngàn xưa “dĩ hòa vi quý” đã trở thành phương châm xử thế cơ bản. Đặc tính văn hóa đó đã ảnh hưởng sâu sắc tới quan niệm và phương pháp chữa bệnh của Đông y học.
Về bệnh tật trong cơ thể, Đông y quan niệm mọi thứ đều do “âm dương thất điều” - mất sự cân bằng và trung dung gây nên. Để chữa trị bệnh tật, Đông y sử dụng 8 biện pháp cơ bản – “hãn” (làm ra mồ hôi), “thổ” (gây nôn), “hạ” (thông đại tiện), “hòa” (hòa giải), “ôn” (làm ấm), “thanh” (làm mát), “tiêu” (tiêu thức ăn tích trệ), “bổ” (bồi bổ) để khôi phục cân bằng chỉnh thể, hóa giải mâu thuẫn giữa “chính khí” (sức chống bệnh) và “tà khí” (tác nhân gây bệnh). Trong 8 phép đó, không có biện pháp nào mang tính đối kháng, tấn công trực diện vào “bệnh tà” như trong Tây y.
Đặc biệt, để thực hiện việc hóa giải có hiệu quả nhất, Đông y chủ trương “trị vị bệnh” (chữa từ khi bệnh chưa hình thành). 2000 năm trước, Nội kinh - bộ sách kinh điển của Đông y đã viết: Bậc Thánh y không chờ khi bệnh hình thành rồi mới chữa trị, mà chữa từ khi chưa phát bệnh. Bệnh đã hình thành mới dùng thuốc, xã hội đã rối loạn mới lo chấn chỉnh, khác gì khi khát nước mới lo đào giếng, giặc tới nơi mới đúc binh khí, chẳng quá muộn sao? (Thánh nhân bất trị dĩ bệnh, trị vị bệnh; bệnh dĩ thành nhi hậu dược chi, loạn dĩ thành nhi hậu trị chi, ví do khát nhi xuyên tỉnh, đấu nhi chú binh, bất diệc vãn hồ).
Do chủ trương “trị vị bệnh” nên Đông y rất coi trọng dưỡng sinh, nâng cao “chính khí”, chính khí đầy đủ thì bệnh tật không thể xâm phạm (Chính khí tồn nội, tà bất khả can). Đó cũng là tư tưởng “tướng giỏi không cần đánh mà thắng” trong Tôn Tử binh pháp (Bất chiến nhi khuất nhân chi sư). Trong sách Nội kinh, dưỡng sinh được đặt vào vị trí tối cao, còn trị liệu chỉ được xem là biện pháp ở bình diện thấp. Tấn công trực tiếp vào “bệnh tà” chỉ được Đông y xem như biện pháp cuối cùng, bất đắc dĩ. “Trị vị bệnh”, “phòng bệnh hơn chữa bệnh” là chiến lược y tế vô cùng sáng suốt và là nét văn hóa độc đáo của Đông y từ ngàn năm xưa. Ngày nay, khi phổ bệnh đang có xu hướng chuyển từ nhiễm trùng sang bệnh tâm thân, nội tiết, chuyển hóa, phương thức sống… thì chiến lược đó sẽ còn có giá trị thực tiễn và khoa học to lớn hơn nữa.