MỤC ĐÍCH VÀ NGUYÊN LÝ
Mục đích:
Phát hiện sự thay đổi trình tự nucleotide trên hệ gene của Chlamydia có liên quan đến khả năng kháng thuốc.
Nguyên lý:
Dựa trên trình tự nucleotide đặc trưng của gene mã hóa cho đặc tính kháng thuốc của vi khuẩn bằng kỹ thuật giải trình tự gene.
CHUẨN BỊ
Người thực hiện: Nhân viên xét nghiệm đã được đào tạo và có chứng chỉ hoặc chứng nhận về chuyên ngành vi sinh (và / hoặc sinh học phân tử / sinh học / công nghệ sinh học).
Người nhận định và phê duyệt kết quả: Người thực hiện có trình độ đại học hoặc sau đại học về chuyên ngành vi sinh (và/hoặc sinh học phân tử / sinh học / công nghệ sinh học).
Phương tiện, hóa chất (Ví dụ hoặc tương đương):
Trang thiết bị:
Tủ an toàn sinh học tối thiểu cấp 2.
Máy ủ nhiệt.
Máy ly tâm 25000 x g.
Máy ly tâm dùng cho tube 0,2 ml.
Máy vortex - Máy PCR .
Máy giải trình tự gene.
Bộ lưu điện.
Ống Eppendorf 1,5 ml ho c 2 ml.
Các loại Micropipette điều chỉnh được: 1000µl, 200µl, 100µl, 10µl.
Đầu côn có màng lọc 10 μl, 100 μl, 200 μl và 1000 μl.
Tủ lạnh thường.
Tủ âm sâu (20oC) hoặc (-70oC) (nếu có).
Dụng cụ, hóa chất và vật tư tiêu hao (bao gồm nội kiểm, ngoại kiểm):
Ghi chú:
Chi phí ngoại kiểm cho quy trình kỹ thuật được tính cụ thể theo chương trình ngoại kiểm (EQAS) là 1/200 tổng chi phí dụng cụ, hóa chất, vật tư tiêu hao (với số lần ngoại kiểm trung bình 2 lần / 1 năm).
Bệnh phẩm:
Dịch cơ thể nghi ngờ có căn nguyên do Chlamydia trachomatis gây bệnh.
Phiếu xét nghiệm:
Điền đầy đủ thông tin theo mẫu phiếu yêu cầu.
CÁC BƯỚC TIẾN HÀNH
Các bước tiến hành thực hiện theo phương tiện, hóa chất được ví dụ ở trên.
Lấy bệnh phẩm:
Theo đúng quy định của chuyên ngành vi sinh.
Tiến hành kỹ thuật:
Tách chiết DNA tổng số.
Thực hiện PCR gene kháng thuốc.
Điện di kiểm tra sản phẩm.
Giải trình tự gene.
Kiểm tra sự thay đổi nucleotide của gene kháng thuốc và kết luận.
NHẬN ĐỊNH KẾT QUẢ
Sản phẩm PCR phải có một băng đặc hiệu duy nhất, rõ nét và không bị đứt gẫy. Trình tự DNA của gene đích được so sánh với các trình tự của gene của chủng hoang dại trên “Genebank” để xác định sự có mặt hoặc không có mặt của các đột biến kháng thuốc đã được biết.
NHỮNG SAI SÓT VÀ XỬ TRÍ
Trong trường hợp không có sản phẩm PCR, cần phải kiểm tra lại quá trình tách chiết DNA tổng số, chất lượng primers và master mix, và thực hiện lại.
Nếu trình tự DNA bị nhiễu cần phải kiểm tra lại độ đặc hiệu của sản phẩm PCR hoặc quá trình chạy PCR sequencing bị nhiễm chéo.
Bệnh viện Nguyễn Tri Phương - Đa khoa Hạng I Thành phố Hồ Chí Minh
